Quand Shrek épouse la princesse Fiona, devenir le roi de Fort Fort Lointain ne fait pas vraiment partie de ses projets. Mais quand le père de celle-ci meurt, c'est à lui que revient la lourde tâche de trouver un digne successeur ou alors il sera contraint d'abandonner ses marais. Epaulé par l'Ane et le Chat Potté, il part pour de nouvelles aventures, à la recherche d'un héritier pour le trône. En son absence, le royaume et Fiona sont en danger. Sera-t-il de retour à temps ?